A segunda forma é a correta.
"Seja qual for" é expressão consagrada. Mas e se precisarmos usá-la no passado? Como fica: "seja qual fosse" ou "fosse qual fosse"?
A dúvida foi enviada à Academia Brasileira de Letras, pela seção ABL Responde, que esclareceu a questão da seguinte forma (com exemplos meus inseridos entre chaves):
Resposta : Telma, na construção "seja qual fosse" quebra-se o princípio de "correlação de tempos e modos verbais", que deve ser observado em frases como as citadas por você [Exemplos: "Seja qual fosse a dúvida, ele sempre teve a resposta na ponta da língua", "Fosse qual fosse a dúvida, ele sempre teve a resposta na ponta da língua".]. Se o primeiro verbo está no pretérito imperfeito do subjuntivo ("fosse"), deve-se manter o segundo também no imperfeito do mesmo modo verbal: "fosse qual fosse".
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